मैंगनीज का उपयोग सीवेज और भूजल को शुद्ध करने के लिए किया जा सकता है।
जब भूजल में लोहे की सांद्रता बहुत अधिक हो जाती है, तो इसका हमारे उत्पादन और जीवन पर कुछ प्रभाव पड़ेगा, जैसे कि पानी गंदला हो जाएगा और लोहे की गंध के साथ, स्केल आसानी से बन जाएगा, और धोए गए कपड़ों पर जंग के धब्बे होंगे, आदि। मैंगनीज पानी में लोहे को ऑक्सीकरण कर सकता है, पानी में घुलनशील द्विसंयोजक लोहे को अघुलनशील त्रिसंयोजक लोहे में ऑक्सीकरण कर सकता है और इसे हटाने के लिए अवक्षेपित कर सकता है। इसके अलावा, मैंगनीज का उपयोग अपशिष्ट जल में आर्सेनिक को शुद्ध करने के लिए भी किया जा सकता है।
मैंगनीज का उपयोग आमतौर पर पाउडर या कणिकाओं के रूप में किया जाता है। इसे पानी में मिलाया जा सकता है या फ़िल्टर के माध्यम से लगाया जा सकता है। उपयोग की जाने वाली मैंगनीज की मात्रा पानी में लौह और मैंगनीज की सांद्रता और उपचारित किए जाने वाले पानी की मात्रा पर निर्भर करती है। आम तौर पर, प्रति गैलन 1-2 मिलीग्राम मैंगनीज ऑक्सीडेंट मिलाया जाता है। मैंगनीज की कीमत अपेक्षाकृत कम है. यह अपेक्षाकृत सुरक्षित जल उपचार एजेंट भी है जो मानव शरीर को नुकसान नहीं पहुंचाएगा। इसका उपयोग किफायती और पर्यावरण के अनुकूल है।
कई जल उपचार निर्माता और इंजीनियरिंग पार्टी अपनी जल उपचार प्रक्रिया में नीचे दिए गए मैंगनीज यौगिकों को जोड़ते हैं।