मैंगनीज का उपयोग मुख्य रूप से चिकित्सा क्षेत्र में कीटाणुनाशक, फार्मास्युटिकल ऑक्सीडेंट, उत्प्रेरक आदि के रूप में किया जाता है।
उदाहरण के लिए, पोटेशियम परमैंगनेट दवा में सबसे अधिक इस्तेमाल होने वाले कीटाणुनाशकों में से एक है क्योंकि यह एक बहुत मजबूत ऑक्सीडेंट है। 0.1%+ का पोटेशियम परमैंगनेट समाधान कीटाणुशोधन और नसबंदी में भूमिका निभा सकता है। शामक फेनाल की उत्पादन प्रक्रिया में एक मध्यवर्ती ऑक्सीडेंट के रूप में उपयोग किए जाने के अलावा, मैंगनीज का उपयोग ज्वरनाशक एनाल्जेसिक फेनासेटिन के उत्पादन के लिए उत्प्रेरक के रूप में भी किया जाता है।
मैंगनीज का उपयोग चिकित्सा क्षेत्र में कुछ दवाओं और दवा फॉर्मूलेशन को तैयार करने के लिए भी किया जा सकता है, जैसे कि मैंगनीज की कमी के इलाज के लिए कुछ दवाएं। इसके अलावा, मैंगनीज पौधे के अर्क उद्योग में उत्प्रेरक की भूमिका भी निभा सकता है।
बहुत सी फार्मेसी कंपनियां अपनी उत्पादन प्रक्रिया में अंडर मैंगनीज रसायन मिलाती हैं: